とうとう力敵わず、八百八狸一族に降伏した日本政府。 降伏した人間は狸たちの奴隷として、一族の狸城建設のために働かされることになる。 鬼太郎はそれを阻止すべく、大地震を起こす大ナマズを封印しようとするが、妖怪獣の蚊竜に邪魔されてしまう。 鬼太郎の力をもっても止めることができない妖怪獣の蚊竜。 そこで、蚊竜を止めることができない鬼太郎は、自分の命を投げ出す決意をする! 狸vs人間の世紀の戦い、どちらに軍配があがるのか?鬼太郎のこれからの行方は?